7 октября Сергей Степашин, находящийся с визитом в Республике Кипр, встретился с Предстоятелем Кипрской Православной Церкви Блаженнейшим Архиепископом Новой Юстинианы и всего Кипра Хризостомом II.
Хризостом II 5 ноября 2006 года, большинством голосов при общем голосовании выборщиков из числа архиереев, клириков и мирян избран Архиепископом Новой Юстинианы и всего Кипра.
Интронизация состоялась 12 ноября 2006 года в кафедральном соборе святого Иоанна в Никосии.
Император Зенон с V века, закрепил за Кипрской Церковью право на самоуправление, а кипрский архиепископ получил три знаменитые императорские привилегии, действительные и поныне: носить пурпурную мантию на торжественных церемониях, держать скипетр вместо посоха и подписывать официальные документы красными чернилами.
Архиепископом Хризостомом II в 2007 году принято историческое решение о расширении состава Священного Синода. Были восстановлены просиявшие в древности митрополии и епископии, а также образованы новые. Среди них митрополии: Констанцская и Аммохостская, Киккская и Тиллирийская, Тамассоская и Оринийская, Тримифунтская, а также хорепископии: Карпасийская, Арсинойская, Амафунтская.
Встреча Председателя Императорского Православного Палестинского Общества Сергея Степашина и Блаженнейшего Хризостома II, проходила в резиденции Предстоятеля Кипрской Православной Церкви, одной из самых древнейших Поместных Церквей Востока.
Во встрече принимали участие Чрезвычайный и Полномочный Посол России в Республики Кипр Станислав Осадчий, митрополит Тамасосский и Оринийский Исаия, руководитель Кипрского отделения ИППО Леонид Буланов.
В начале беседы Сергей Степашин передал Архиепископу Хризостому благопожелания от Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла, Председателя Комитета Почётных членов ИППО, который многое делает для укрепления братских отношений между двумя Церквами и народами.

Председатель кипрского отделения ИППО Леонид Буланов, Председатель ИППО Сергей Степашин, Блаженнейший Архиепископ Кипра Хризостом II
Предстоятель Кипрской Православной Церкви, приветствуя российских гостей, поблагодарил Сергея Степашина за инициативу Императорского Православного Палестинского Общества и выразил свою поддержку в отношении установки на кипрской земле стелы и памятной доски ИППО, посвящённых Великой княгине Елизавете Фёдоровне, святой преподобномученице, прославившейся своим милосердием и благотворительностью. Блаженнейший Архиепископ Хризостом особо отметил, что этот благородный жест со стороны ИППО – одно из ярких подтверждений братской дружбы народов России и Кипра, связанных общими духовными, культурными узами и православной верой.
В дни пребывания Сергея Степашина на благословенной кипрской земле Кипрской Православной Церковью принято решение о том, что святая преподобномученица Елисавета отныне является духовной покровительницей женских общин Кипра.
В ходе беседы Сергей Степашин и Блаженнейший Архиепископ Хризостом обсудили ряд актуальных вопросов международной повестки дня. В частности, стороны обменялись мнениями о положении христиан на Ближнем Востоке и отметили необходимость общих усилий по сохранению векового межрелигиозного баланса и христианского присутствия в регионе. Сергей Степашин рассказал о деятельности ИППО по поддержке христиан, о предпринимаемых Обществом мерах по сохранению христианского присутствия в странах ближневосточного региона, а также о научной и паломнической деятельности Общества. Он поделился своими впечатлениями о посещении древних монастырей Кипра и выразил уверенность, что теперь будет дан новый импульс для развития паломничества православных верующих к святыням Кипра и ИППО, со своей стороны, примет активное участие в новом наполнении этой важной для православных верующих деятельности.
В ходе встречи стороны обменялись также мнениями по вопросам, связанным с необходимостью сохранения всеправославного единства и общеправославного взаимодействия. Отмечалось, что на православных странах и народах сейчас лежит большая ответственность. Было подчёркнуто, что в этот трудный период ожиданий и напряжённости нельзя допустить раскола, который стал бы глубочайшей раной на священном теле Церкви и разобщил бы православных верующих.
Предстоятель Кипрской Православной Церкви выразил свою поддержку инициативе Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла – обращению Святейшего к Предстоятелям Поместных Церквей с предложением общеправославного обсуждения данного вопроса. Касаясь этой темы, Предстоятель Кипрской Православной Церкви высказал мнение о необходимости спокойного и всестороннего обсуждения этого чувствительного вопроса. Совершенно очевидно, что политику нельзя вмешивать во внутрицерковные дела. «Наша Церковь молится Устроителю Церкви – Господу нашему Иисусу Христу», – сказал Блаженнейший Архиепископ Хризостом.
Сергей Степашин поблагодарил Предстоятеля Кипрской Православной Церкви за оказанный тёплый приём, поддержку деятельности ИППО на Кипре и откровенный обмен мнениями по самым актуальным вопросам современности.
Далее состоялся обмен подарками. Предстоятель Кипрской Православной Церкви передал в дар Председателю ИППО серебряную икону с изображением проповеди святого апостола Павла.
В свою очередь Сергей Степашин вручил Предстоятелю Кипрской Православной Церкви высокую награду ИППО – орден Великой княгини Елизаветы Фёдоровны. Также он передал в дар икону с образом святой преподобномученицы Елисаветы, привезённую из Марфо-Мариинской обители.
Блаженнейший Архиепископ Хризостом поблагодарил высокого российского гостя и сопровождающих его лиц. Предстоятель пожелал Сергею Степашину дальнейшего благополезного пребывания на Кипре.